歐洲異議程序是除了專利權人以外的任何第三方都可以提出的質疑歐洲專利權的程序，是由歐洲專利局的異議部門處理的爭議程序。提出異議的期限為自歐洲專利授權公告之日起的9個月，該期限不能延展。請求人必須在異議期限內提交異議請求并繳納異議費用。
根據EPC第100款所述，可以提出異議請求的理由包括：
1）專利所要求的保護的發明不具有可專利性，包括為不可授予專利權的主題、不具有新創性等問題；
2）專利說明書披露的內容不夠清楚完整地公開發明創造的內容，以使得本領域內的技術人員能夠實現該發明創造；
3）歐洲專利授權的主題超出了原始提交的范圍。
歐洲異議通常是由EPO異議部門的三位成員組成異議組來處理的，異議組成員可能包含原審查員。
首先，異議組在收到異議請求書后，先進行可接受行的審查，然后將異議通知發給專利權人，并設置4個月的答復期限。在該期限內，專利權人可以提出爭辯意見。除特殊情況下，前述答復期限不能延展。專利權人答復異議通知時，可以包括1項主請求和若干輔助請求。
即使EPO未在期限內收到專利權人的答復，歐洲異議程序EPO異議組也會照常處理異議案并作出決定。對于專利權人的答復，EPO也會傳送給異議請求人，異議請求人可以自行根據自己的意愿選擇是否答復。以防收到不利的決定，通常來說，建議異議請求人或專利權人首次提交意見是應請求口頭審理。
收到專利權人回復后的6個月至12個月后，異議組將發出口審開庭傳票，其中包括一份初步的、不具約束力的意見。歐洲異議中的口審類似于1次小型的法庭聽證會，歐洲異議程序但是沒有那么正式。專利權人和異議請求書可以在口審中陳述各自的意見，并由EPO異議組當庭作出決定，之后大約6個月內EPO發布正式的書面決定。該書面決定可以上訴至EPO擴大上訴委員會。EPO異議組處理一件異議案的平均時間約為16至24個月，或者更快，或者更慢（5+X年）。
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